Можно ли при импорте товара указать несколько разделов?

Нет, при импорте товара можно указать только один, основной раздел.
Если товар необходимо разместить в несколько разделов каталога, то сам процесс размещения необходимо осуществлять непосредственно во вкладке "Разделы" формы редактирования товара, после того, как товар будет загружен на сайт.

Также при добавлении товара в несколько разделов рекомендуем ознакомиться со статьей Настройка элементов с каноническими ссылками Наши решения