Данная возможность доступна на редакциях 1С-Битрикс "Малый бизнес" и "Бизнес".
Для того чтобы привязать скидку к региону (скидка должна быть уже создана) необходимо перейти к редактированию скидки в разделе скидок ("Администрирование" - "Маркетинг" - "Товарный маркетинг" - "Правила работы с корзиной"), открыть вкладку "Действия и условия" и в пункте "Дополнительные условия" необходимо добавить условие типа "Регион", в котором выбрать привязанные регионы.
После этого скидка будет применяться к товарам только в указанных регионах.