Как деактивировать раздел (папку в файловой структуре), чтобы прямая ссылка на него возвращала 404?

Деактивировать папки в файловой структуре нельзя.
Их нужно удалять.
Если вы хотите сохранить их, на случай если понадобятся в будущем, то предварительно заархивируйте. Наши решения