Данная возможность доступна на редакциях 1С-Битрикс "Малый бизнес" и "Бизнес".
Для того чтобы привязать способ оплаты к региону (способ оплаты должен быть уже создан) необходимо перейти к редактированию способа оплаты в разделе способов оплаты ("Администрирование" - "Магазин" - "Настройки" - "Платежные системы"), открыть вкладку "Ограничения" и добавить ограничение "по регионам", в котором выбрать привязанные регионы.
Выберем здесь те города, в которых данный тип платежной системы доступен и сохраним.
После этого способ оплаты будет доступен только в указанных регионах.