Можно ли использовать для одного региона основной домен сайта, а для остальных поддомены?

Нет, так делать нельзя. В таком случае модуль будет работать работать не корректно.
Если вы используете поддомены, то абсолютно все регионы должны быть на поддоменах..
Наши решения